O BNDES possui linhas de financiamento específicas para a administração pública. Respeitando uma legislação de crédito específica para o setor público, os órgãos e as empresas da administração pública, direta ou indireta, e de todas as esferas (federal, estadual ou municipal) podem solicitar apoio financeiro ao BNDES para implantação, expansão ou modernização da infraestrutura de serviços públicos, que inclua gastos com obras civis e instalações, compra de máquinas e equipamentos, móveis e utensílios e outras despesas.
Como explícito no site do BNDES, o Banco contempla atualmente cinco áreas de atuação que agregam as linhas de financiamiento: aquisição de bens e serviços, desenvolvimento social, desenvolvimento urbano, educação e gestão.
Na área de aquisição de bens e serviços, existem três linhas. A linha FINAME destina-se à aquisição isolada de máquinas e equipamentos; o BNDES Prosoft Comercialização, à compra isolada de softwares e serviços associados; e a Provias é para aquisição de máquinas e equipamentos novos destinados a intervenções em vias públicas, rodovias e estradas.
A área de desenvolvimento social conta com duas linhas de financiamento. O Fundo Social é a linha com recursos não reembolsáveis para projetos de investimentos em assistência social, e a linha de Serviços de Educação, Saúde, Assistência Social e Segurança financia projetos de implantação, modernização e expansão dessas atividades.
Na área de desenvolvimento urbano, o BNDES possuía três linhas de apoio. A primeira é a de apoio a investimentos multissetoriais integrados urbanos, ou seja, projetos que integram o planejamento e as ações dos agentes municipais em diversos setores com vistas a contribuir para a solução dos problemas estruturais dos centros urbanos. A segunda linha é de apoio a projetos de transportes públicos, abrangendo todos os investimentos necessários à qualificação do espaço urbano no entorno do empreendimento. E, por fim, a terceira linha de desenvolvimento urbano apoia projetos de investimentos que buscam a universalização do acesso aos serviços de saneamento básico.
Na área de educação, o BNDES possui o Programa Caminho da Escola e o Proescolar, que apoiam a renovação e a ampliação da frota de veículos de transporte escolar de alunos da educação básica da rede pública, sendo o primeiro prioritariamente na Zona Rural.
A última área de atuação é a de gestão. Esse grupo é composto de três iniciativas: PMAT; Programa de Modernização da Administração das Receitas e da Gestão Fiscal, Financeira e Patrimonial das Administrações Estaduais – PMAE; e Programa Emergencial de Financiamento aos Estados e ao Distrito Federal – PEF. O PMAT e o PMAE apoiam o fortalecimento da capacidade gerencial, normativa, operacional e tecnológica da administração pública, sendo o PMAT destinado aos municípios, e o PMAE aos estados. O PEF é um programa emergencial de apoio à viabilização das despesas de capital constantes do orçamento anual dos estados e do Distrito Federal que foram comprometidas pela crise econômica.